Činnost Centra pro aplikovanou etiku je zaměřena především na široce zaměřené studium a veřejnou pedagogickou činnost, pořádání kolokvií, seminářů a konferencí v tématech aplikované etiky. Tato činnost se odehrává v jednotlivých odborných sekcích centra, jejichž garanti jsou zaměstnanci KTF UK, respektive teologové a zároveň odborníci v daném oboru.